Основными элементами учения анабаптистов, которые отличали их от других, современных им течений в христианстве были следующие:
- понимание сущности христианства как ученичества,
- понимание Церкви как братства,
- выражение христианской жизни в любви и непротивлении.
Эти элементы стали ключевыми для анабаптистского вероучения, отвергнув политический радикализм (проявившийся в Крестьянской войне и в Мюнстерском восстании), но приняв радикализм духовный.
Понимание сущности христианства как ученичества является основополагающим принципом анабаптизма. Согласно такому пониманию, жизнь христианина является процессом преобразования в образ Христов. Анабаптисты не признавали «христианства» основанного только на интеллектуальном принятии догм, или на эмоциональных переживаниях. И то, и другое должно было находить своё выражение во внешних проявлениях, в преобразовании жизни, в научении от Христа и следовании Его учению. Как говорит исследователь анабаптистского движения Гарольд Бендер:
Их ключевым словом была не „вера“, как у реформаторов, а „следование“ (следование за Христом).
Практическим результатом такого понимания христианства были: крещение только в сознательном возрасте по вере (как результат выражения добровольно согласия быть учеником и последователем Христа), отношение к богословию как к вспомогательному инструменту, а не цели (поэтому анабаптистское богословие имело лишь частичное развитие), требование практических элементов освящения в жизни верующих.
Вторым важным элементом учения анабаптистов явилось понимание Церкви как братства, живущее согласно принципов ученичества и следования за Христом. Последствием такого понимания явился отказ от государственной церкви, и даже противление самому пониманию государственной церкви, где гражданство и религиозная принадлежность являлись одним и тем же. Анабаптисты отстаивали добровольность присоединения к Церкви по вере и личному убеждению каждого отдельного человека. Это было еще одной причиной отрицания крещения младенцев, поскольку младенец не может сделать сознательный выбор в пользу принадлежности к Церкви.
Такое понимание Церкви и принадлежности к ней вело и к преобразованию социальной системы в целом. Какая-либо форма феодальной зависимости и социального неравенства, согласно анабаптистскому учению, была антихристианской, так как противоречила пониманию братства. Отсюда же следует и понимание отделения (нем. absonderung) церкви от мира.